YouSeq的Tom Huckvale采访Opentrons用户

我们与高级科学家汤姆Huckvale谈到Youseq如何使用三种Opentrons OT-2机器人来开发自定义基因面板,并使用磁珠纯化DNA。

成立于2018年的英国生物科技公司YouSeq设计、开发和制造易于使用的下一代DNA测序(NGS)试剂盒、面板和试剂。

我们采访了资深科学家汤姆·哈克维尔,了解YouSeq是如何使用3的Opentrons OT-2机器人开发定制基因面板和用磁珠纯化DNA

IMG_4884-1
Tom Huckvale在YouSeq实验室和他的一个OT-2液体处理机器人。信贷:汤姆Huckvale

Opentrons:您具体使用OT机器人做什么?它们如何融入您的工作流程?

汤姆Huckvale:他们用于采用底漆的第一件事。我们为我们的NGS面板有底漆对,从制造商到达96孔板。我们必须将特定井的特定卷从特定板上汇集到各个管 - 所以我们为我们的NGS套件用于我们的单独底漆。

有时我们想把等量的每一根(引物)汇集到一根管中。我们的协议越来越多。我们可以很容易地有成千上万个引物想要把不同数量的引物从一百多个板放入不同的试管中进行反应。我们可能不想从一个盘子里拿走所有的东西:我们可能只从一个盘子里拿走一些,从另一个盘子里拿走一些。这就是Opentrons机器人的特点。

这些机器人的美妙之处在于,它们是开源的,我们有一个庞大的数据库,里面有我们所有的引物,所有的引物对,它们的表现,以及它们的质量控制。所有这些都可以用来创建机器人可以阅读的电子表格。

这些机器人的美妙之处在于,它们是开源的,我们有一个庞大的数据库,里面有我们所有的引物,所有的引物对,它们的表现,以及它们的质量控制。所有这些都可以用来创建机器人可以阅读的电子表格。与许多制造商打交道,你会被他们的软件处理问题的方式所束缚。有很多专有文件格式。但我们只是给了(机器人)带有卷的CSV文件,还有id,以及它要去的地方,它完美地翻译它们,然后就运行。

我们还有另一个opentrons机器人betway必威官网登陆下载在一个单独的房间,用于使用磁珠进行DNA纯化。我们的许多实验涉及反应板,并用手用磁珠清洁这些尺寸棘手。从划痕,一周后,我和我的同事丹尼尔提出了这个机器人的终极珠子清理方法。它真的确实,每次都非常好,所以我们可以把整个96孔的DNA板上清洁,它只是在背景中做到这一点。

我的意思是,公平地说,我们是用手做的,但我们有很多清理珠子的经验,所以我们做得很快。这一点都不节省时间。但是仅仅是能够启动一些东西,然后利用这些时间来写实验,产生新的想法,做一些其他的事情,已经非常重要了。你可以把这些工作交给机器人,并且确信它会像你坐在那里毫无目的地吸液一样好。

Opentrons:我理解你一直在用Python编写协议脚本。你如何结束前进的路线,而不是使用协议设计师,在那里更多的选择方法?必威体育2021欧洲杯官网

汤姆:我们曾经与之制定了协议Opentrons协必威体育2021欧洲杯官网议设计师这是一个非常低的入门门槛来使用机器人,但它工作得非常非常好。但这也有一些局限性,尤其是在磁珠清理方面。您无法使用使用协议设计器的磁性模块编写协议。必威体育2021欧洲杯官网betway必威官网登陆下载

所以我们研究了Python脚本并意识到,实际上,它们是非常直接的,尤其是使用Opentrons API在网站上。并打印出来,有一个PDF - 在你旁边的时候作为参考。你可以找到任何你想要在那里做的事情。您需要花一些时间来完成所有设置,但实际上,一旦它起来并运行,它就需要几乎没有输入。

奥本聪:我想问你为什么选择奥本聪而不是更大的制造商,但我不知道你能否回答这个问题,因为机器人在你成为员工之前就已经存在了。(笑)

汤姆:(笑)在我们所处的市场,有一些真正的大玩家。进入门槛相当高。你需要大量的前期投资,而我们有启动资金。这是一个例子我们可以通过我们所花费的东西同时尽可能多地控制公司。为了在价格和产品质量上与这些公司竞争,我们需要自动化。

[使用Opentrons]意味着我们不需要订阅或学习新软件只是为了为其编写协议。在以前使用自动化的工作中,您需要学习特定于该制造商特定机器人的新软件。因为需要几个星期,你有一个人学习如何做到,然后机器人只能被一个人使用。

我们想让公司里的每个人都为这些Opentrons机器人编写脚本。我的意思是,我希望看到一个长凳上坐着10个这样的人,公司里的每个人至少会在某个时候与他们进行一些互动,即使你只是为了好玩或尝试一些东西。

Opentrons:你提到了机器人如何让您对更大的旧公司具有竞争力。如果您没有自动化,您如何认为业务会发生不同?

汤姆:我认为如果我们没有这种自动化,我们将提供更少的复杂产品,并且可能只有其中一些。并且难以接受新订单。由于它的开放性,我们现在已经与机器人相结合的这种管道一旦有自定义订单,那就是让机器人内在内部的......我的意思是,好的,好的,所以我们必须解冻一些事情,但是说一切都是碎片的,你可以有一个订单进来,你可以在半小时内准备这面板,20分钟。如果我们用手这样做,我们就不会那种速度。

IMG_9401_REFRAMED.
汤姆和他的OT-2机器人在YouSeq实验室工作。信贷:汤姆Huckvale

我们也会犯错误,这是一个真正的危险。我们需要的是始终如一的好东西。如果你能把它从——这听起来有点可悲,但是——把它从人为错误中解放出来,这确实会让顾客高兴。

Opentrons: NGS就是要拥有高吞吐量、更快、更便宜、更精确的特性。实验室自动化如何影响你自己的生产能力和精度?

汤姆:就这些产品的研发而言,我们可以做得更多。如果我要设计一个我必须用手做的实验,我会有更少的变量,我可以在任何时候测试。通过机器人,您可以精细调整很多这些实验。例如,在底漆池中,您可以对体积和浓度进行调整,单个测定,您将无法手动执行。这将带你几天,你会失去你的思想。

通过机器人......您可以对音量和浓度进行调整,单独的分析,您将无法手动做。这将带你几天,你会失去你的思想。但是你可以让机器人在一个下午完成这一点。

但你可以让机器人一下午就完成。这意味着你可以更快地得到更好的产品。您可以优化许多流程。你可以更快地得到答案。你可以尝试更多的东西,这意味着你可以用更少的步骤得到你喜欢的产品质量。

总而言之,它具有很大的差异。这肯定是我推荐任何人的事情。我们有希望进入NGS的客户,所以他们来到我们身边,我们设计了他们的面板。但我们也表明他们看着Opentrons并在机器人上完成磁珠净化东西。我们共享我们用它们写的脚本,所以他们开始运行它们。Opentrons有助于。没有专有的文件格式,没有安全性。您不需要特殊密码。您只需向他们发送文本文件,然后他们可以读取其机器人阅读,同样的事情就像我们的实验室一样距离3000英里之外。

Youseq的一部分的哲学是,NGS根本不一定很复杂。很多实验室想做ngs,但看到它是很多术语,很多东西都没有真正有意义,它听起来真的很复杂,你不需要大量的数据,你不需要特殊的工具吗?......我们有点这么说,不,这真的很简单,我们会告诉你如何做到这一点。Opentrons也适合那种哲学。很高兴找到以同样的方式思考的公司。无论如何,我们都对Opentrons有很大的尊重,并且我们也希望支持这一点。它就是这样,他们的东西有效,我们喜欢它。

这次采访已经编辑了长度和清晰度。