用opentron检测COVID-19

Opentrons COVID-19检测系统可帮助开展公共卫生监测项目的实验室立即扩大规模,每天筛查2400个检测项。

可扩展的自动化解决方案

我们在Opentrons的任务是通过更广泛地使用实验室机器人来加速生命科学。世界现在比以往任何时候都更需要这种能力。

Covid-19的人口规模测试是限制死亡率的最好方法之一。大规模检测能够迅速发现和隔离感染,限制病毒的传播,保护脆弱人群。为了对人群进行适当调查,需要处理数百万个COVID-19检测包。世界各地的组织都在努力尽可能快地提升他们的能力。

这是挑战的类型是为了满足。

OpenTrons'Covid-19测试系统是运行Covid-19公共卫生监测项目的实验室的最佳解决方案,需要立即扩大到自动化操作。OpenTrons可以安装在订单的订单中每天自动化最多2,400个测试的系统。我们目前正在部署此监视能力开放医学研究所在加州的帕洛阿尔托,很快就会有更多的监控项目。

我们可以与任何试剂提供者合作,甚至为最佳和最实惠的选择提供建议如果您是需要扩大COVID-19监测业务规模的实验室,请通过以下方式与我们联系covid-19@www.richardlipsey.com

Opentrons和开放医学研究所渴望与地方和联邦机构合作,以确定该系统是否可以用于临床诊断紧急使用授权(EUA),并提供测试带宽,以满足苛刻的高和不断增长的需求。

以下是我们开发的系统的详细信息,以及如何将其用于COVID-19大规模检测。

测试过程

与许多传染性疾病检测方法一样,COVID-19病毒检测方法利用定量聚合酶链反应(qPCR)技术。对于像COVID-19这样的冠状病毒,该检测实际上是一种逆转录酶qPCR (RT-qPCR),因为它测量的是RNA而不是DNA。RT-qPCR能够检测从患者样本中纯化的RNA中COVID-19目标序列的存在和水平,这可以告诉你某人是否感染了,如果感染了,大约多久。

第一步是收集样品。收集在医生订购测试后发生。医院,实验室和公共卫生设施擦拭患者的鼻子或嘴,并立即将测试拭子放入管中。然后将这些患者样品安全地带到测试实验室。

收集管到实验室后,有三个自动化步骤:

  1. 样品电镀
  2. RNA提取
  3. QPCR设置

每个步骤都有一个指定的OT-2工作站(除了检测,它发生在实验室提供的qPCR仪器上)。下面是如何在Opentrons上自动化这个过程:

站一个-样品电镀:96带有患者样品的收集管悬浮在失活缓冲液中,放在第一个Opentrons机器人上以进行RNA提取。机器人移液器样品和从管中的阳性对照进入深层板。

A站配置:9050美元

  • P20 + p300单通道移液管
  • 温度模块(主动冷却控制RNA)
  • 4 x管架
  • 96深井提取板
  • 1x机架20ul + 1x机架200ul过滤嘴
A站OT-2甲板布置
A站OT-2甲板布置

A站应该在某种"入口"房间里。这个工位上的主要瓶颈往往不是实际的重新格式化,而是贴标、记录、开封和将收集管装入机器人的机架。为了防止污染,最好将进样室与样品处理的任何空间分开。一旦样品和阳性对照RNA放入深孔板,就可以移到B站。

站B - RNA提取:使用磁性微珠将96个含有样品的样品移动到第二机器人,用于RNA提取。这是由于完全净化RNA所需的许多洗涤步骤,这是自动化过程的大部分。

B站配置:$7,750

  • p300举办吸管
  • betway必威官网登陆下载
  • 96深井提取板
  • 96井洗脱板
  • 5x架200ul过滤嘴
  • 2x 12通道试剂储层
  • 2x 1通道液体废物贮存器
RNA提取的OT-2甲板布局
RNA提取的OT-2甲板布局

还应该有一个专门的提取室,所有B站的提取机器人都被安置在那里。如果产量需要,这个房间还可以容纳一个试剂填充站,以准备磁性微珠和缓冲液,用于B站机器人进行RNA提取。正如你在上面的甲板地图中所看到的,在这个过程中需要很多试剂和技巧。

工作站C -分析设置:从样品(洗脱)中分离的RNA被移动到容纳QPCR仪器的第三室,并且设计为尽可能最小化污染的“清洁”。将具有纯样品RNA的板置于取代机器人上,以预制RT-QPCR测定。

C站OT-2配置:7500美元

  • p20单通道
  • Opentrons温度模块
  • 96井洗脱板
  • 96井PCR板
  • 3x机架20ul过滤嘴
RT-qPCR的OT-2 Deck Layout
RT-qPCR的OT-2 Deck Layout

RT-qPCR所需的试剂分别放置在温度模块上进行主动冷却。它们被组合成一种混合母料,然后被分配到一个培养皿中,并与纯化的RNA结合。经过这一过程,平板准备放入qPCR机,并分析是否存在COVID-19。

吞吐量

我们开发了一个8个机器人(2x站A,4x站B,2x站C)的系统,可以每12hrs准备12个96孔板,或约2,400个测试/天。

以下是8个机器人系统的过程计时中断的原因:

该系统加上备件和实验室安装可用于监控项目100,000美元。我们可以通过3月1出每周安装这些系统的安装,然后在4月份每周安装4倍的系统安装。如果我们实现这一坡道,我们可以预期在6月底之前自动对Opentrons系统进行1M测试。

我们目前正致力于在加利福尼亚州帕洛阿尔托的开放医学研究所安装第一批高吞吐量系统,并渴望使用我们的机器人来援助实验室完成这个关键的项目。

如果您有兴趣使用OpenTrons以扩展您的实验室运行Covid-19测试的能力,请联系covid-19@www.richardlipsey.com