OT-2 Python API版本1

OpenTrons API是一个简单的Python框架,旨在简单地制作自动化生物学实验室协议。

我们以基本Python和Wetlab技能​​的任何人都可以使用我们希望的方式设计。作为一个替补科学家,您应该能够以像实验室笔记本一样读取的方式编写自动协议。


入门

蟒蛇新手?看看我们的协议中使用Python在继续之前先翻一页。要了解脚本的典型结构,请查看我们的例子页面。

我们的API需要Python版本3.7.6或更高版本。在您的计算机上设置此内容,您可以简单地使用皮普安装Opentrons包。

皮普安装opentrons.

要在你的笔记本电脑上模拟协议,请检查模拟您的脚本。当您准备在机器人上运行脚本时,请下载我们的最新版本桌面应用程序

故障排除

如果您在使用我们的产品时遇到问题,请查看我们的产品支持文档或通过我们网站上的对讲机联系我们的团队Opentrons.com.


概述

看起来如何

OpenTrons API的设计目标是使代码可读且易于理解。例如,以下是从良好转移的一部分短指令'a1'好吧'b1'即使是计算机也可以理解:

使用OpenTrons API的Labware和仪器此协议由我提供;it’s called Opentrons Protocol Tutorial and is used for demonstrating the Opentrons API Add a 96 well plate, and place it in slot '2' of the robot deck Add a 200uL tip rack, and place it in slot '1' of the robot deck Add a single-channel 300uL pipette to the left mount, and tell it to use that tip rack Transfer 100uL from the plate's 'A1' well to it's 'B2' well

如果我们要使用OpenTrons API重写这一点,那么它看起来像以下一样:

#导入opentrons.进口实验室的器具仪器#元数据元数据={'protocolname'“我的协议”“作者”'名称''描述'“简单的协议使用OT2”}#实验室的器具=实验室的器具加载“96 -平”'2'tiprack.=实验室的器具加载'OpenTrons_96_Tiprack_300UL''1'#吸量管吸管=仪器P300_Single=“左”tip_racks.=[tiprack.])#命令吸管转移One hundred.'a1'),'b2'))

它是如何组织的

使用OpenTrons API编写协议时,通常有五个部分:

  1. 进口

  2. 元数据

  3. 实验室

  4. 移液器

  5. 命令

进口

在Python中写入时,您必须始终在文件中包含OpenTrons API。我们最常使用实验室的器具仪器API的部分。

从上面的示例中,“导入”部分看起来像:

opentrons.进口实验室的器具仪器

元数据

元数据是一个由服务器读取并返回给客户端应用程序(如Opentrons应用程序)的数据字典。它不需要运行协议(并且是完全可选的),但是如果有的话可以帮助客户端应用程序显示关于当前正在执行的协议的额外数据。

上面的字段(“ProtocolName”,“作者”和“描述”)是推荐的字段,但元数据字典可以包含较少或较少的字段(尽管客户端不呈现非标准字段,具体取决于它是如何设计的)。

您可能会在直接从Opentrons下载的协议中看到一个名为“source”的元数据字段。“source”字段用于匿名跟踪协议使用情况,如果您在Opentrons应用程序中选择进入分析。例如,Opentrons协议库中的协议可以将“source”设置为“Opentrons协议库”。您不应该在自己的协议中定义“源”。

实验室

虽然进口部分跨协议通常相同,但实验室部分取决于您在机器人上使用的尖端机架,井板,槽或管不同。

每个Labware都有一种类型(例如:“96 -平”),它将放置在机器人上的插槽(例如:'2')。

从上面的例子中,“labware”部分是这样的:

=实验室的器具加载“96 -平”'2'tiprack.=实验室的器具加载'OpenTrons_96_Tiprack_300UL''1'

移液器

接下来,创建移液器并连接到OT-2上的特定安装座(“左”“对”)。

移液器还有其他参数,但最重要的是它在实验过程中使用的尖端架。

从上面的示例中,“移液器”部分看起来像:

吸管=仪器P300_Single=“左”tip_racks.=[tiprack.])

命令

最后,最有趣的部分,实际的协议命令!最常见的命令是转移()Aspirate()分发()pick_up_tip ()drop_tip(), 以及更多。

相对于您的协议的复杂性,这一节可能会比较长。但是,通过更好地理解Python,您可以学习压缩和简化看起来最复杂的协议。

从上面的示例中,“命令”部分看起来像:

吸管转移One hundred.'a1'),'b1'))

特征请求

对我们的软件有一个有趣的想法或改进?通过遵循这些,在github上创建一个票证指导方针。

开发人员指南

你想为我们的开源API做贡献吗?你可以找到更多关于如何参与的信息在这里。