验证的工作站应用程序

NGS工作站

验证的工作站应用程序

NGS工作站

为一系列基因组和药物发现应用进行几乎端到端的下一代测序(NGS)


工作站包括运行NGS分析所需的OT-2机器人,模块和消耗品

工作站

$ 25,000

订购工作站
NGS扩展工作站(2:23)

概述

Opentrons NGS Workstation是一种开源液体处理系统,可在NGS和PCR应用中自动化样品和库准备,试剂分布,珠处理以及一般的生化和基因组转移。

该工作站使用任何领先的试剂或基于磁珠的系统在市场上以精确性和精确度的成本分数来自动化协议和工作流程。

该工作站可用于以下应用程序:

  • 下一代测序(NGS)
  • 样品和图书馆准备
  • 基于珠子的处理
  • 通用液体处理和试剂分布

工作站组件

每个Opentrons NGS Workstation均可自定义使用NGS分析独特的硬件,消耗品和协议。您还将免费访问Opentrons协议设计师,Python API和协议库。必威体育2021欧洲杯官网

演示方法

该应用已通过Opentrons进行了全面测试和科学验证。

应用程序数据

下一代测序(NGS)工作流程包括使用市售和具有成本效益的DNA制备套件以及在OT-2上的归一化和汇总数据来制备DNA库。我们通过使用OT-2 NGS工作站来提供数据来优化此工作流程,并且自动化的OT-2协议有助于提高DNA库准备,归一化和汇总的效率。

在OT-2 NGS工作站上演示了DNA制备的方法

图1.具有OT-2的NGS。虚线框表示可以在OT-2上自动化的NGS步骤

应用和工作流程

甲板布局

图2.配备模块,实验室和试剂的Opentrons OT-2甲板布局。

方法

Illumina DNA准备
  • 从NEB准备了8个重复的100ng lambda DNA
  • 在甲板OT-2热环模块上进行孵育和PCR
  • 使用的条形码来自Illumina UD索引板B
  • 洗涤后放大(4个周期):量化,标准化和汇总到4nm库中,并在具有2x75流动池的Miseq上进行测序

重复24个LAMBDA重复的实验,并重复来自Promega的人类基因组DNA。

HyperPrep和Nebnext Ultra II
  • 从NEB中准备8个重复的100ng碎片lambda DNA
  • 在甲板OT-2热环模块上进行孵育和PCR
  • 使用的条形码来自KAPA独特的双索引适配器,用于HyperPrep和Neb多重双索引引物设置为Nebnext Ultra II的1
  • 洗涤后放大(4个周期):量化,标准化和汇总到4nm库中,并在具有2x75流动池的Miseq上进行测序

重复该实验的24个重复的lambda,并从Promega重复了8个碎片的人基因组DNA。用NEB片段酶进行片段化16分钟,用于LAMBDA,对人类基因组DNA进行20分钟,然后用Ampure XP珠清洁。

数据显示

表1. NGS样品库对OT-2进行的比较。

Illumina DNA准备
Roche Hyperprep
NEB Ultra

图3.均匀的样品条形码表示。这些饼图证明了按整体读取百分比运行的测序中均匀的样本条形码平衡。

协议

特色NGS协议:

仍然找不到您想要的?获取为您的测定开发的自定义协议。

OT-2

创建协议的4种方法

协议库

必威体育2021欧洲杯官网

Python API

自定义协议开发

服务

Opentrons旨在通过我们的系统提供最佳的客户体验。我们提供:

  • NGS Workstation的延长保修价格为6,250美元
  • 现场安装(通过电子邮件support@www.richardlipsey.com获取报价)
  • 加快自定义协议

自定义协议类型 1个工作流程 3个工作流程 周转时间
标准工作流程开发 $ 1,000 $ 2,750 2周
加快工作流程开发 $ 1,300 $ 3,350 1周

如果Opentrons硬件不适合您的测定需求,我们会提供合格的硬件购买的无风险回报。我们提供了您的采购订单,信用卡或专业形式发票中发现的金额,包括60天内的所有相关运输费用。


Opentrons产品(OT-2,模块和移液器)还提供1年的免费保修,并可以选择再购买1年的延长保修。

常问问题

问:Opentrons NGS工作站可以在任何套件上工作吗?

A:是的。它是一个开源平台,具有套件不可知论,可根据不同的测定需求进行定制。

问:Opentrons NGS工作站可以处理各种NGS流体类型吗?

A:OT-2可以与各种NGS流体类型一起使用,并具有准确性和精度。看我们精度和精确表。我们还发布了申请注释,例如OT-2上的粘性液体处理 OT-2上的挥发性液体处理 为我们的客户。

问:我可以在Opentrons平台上使用哪种实验室?

A:开箱即用,OT-2可以支持任何标准,自动兼容 /SBS足迹 井板,以及各种旋转帽和螺杆管,直至50毫升圆锥形4英寸1管架。您可以在我们的必威体育打水套利

问:您支持自定义实验室吗?

A:OT-2即使是定制的,也可以使用您今天使用的几乎所有实验室。
如果您需要使用与普通微板相同的占地面动曲的自定义实验室,则可以在几分钟内使用我们的自定义实验室定义实验室创建者
如果您需要使用与普通微板相同的占地面积的自定义实验室,我们的应用程序工程师可以为您创建一个。或者,如果您有一些编码知识,那么您可以自己创建一个 3D打印一个支架或适配器将其在甲板上使用。

问:我需要知道如何编码使用Opentrons平台吗?

A:您不需要知道如何代码来使用Opentrons平台。可以使用Opentrons的插件协议设计工具来创建协议。我们还有一个应用程序工程团队来帮助客户构建协议。

问:我可以看到示例协议吗?

A:我们所有的协议都是开源的,可以自由访问github

问:我可以使用OT-2处理小体积转移吗?

A:你可以准确,精确 使用我们的Opentrons 8通道P20 GEN2电子移液器或单渠道P20 GEN2 Electronic Electronic Optette的Opentrons P20 GEN2电子移液器或Opentrons的量从1-20µL进行量。在1µL设定点上进行了校准管子并进行工厂测试,并配备校准证书。但是,即使通过测试和认证,通过自动化空气流量来处理低容量转移也需要测试和优化 确保他们符合您的规格